Amélioration génétique des bovins laitiers Démystification de certains concepts

Signification de l’index d’un animal

Nous savons que seuls les gènes sont transmis du parent au descendant, les interactions entre gènes ou paires de gènes ne le sont pas. C’est pour cette raison que la sélection est basée sur la valeur génétique additive des animaux. Or celle-ci n’est ni mesurée ni observée, elle ne peut être qu’estimée en se basant sur les performances de l’animal lui-même et/ou sur les performances des animaux apparentés à cet animal. L’index d’un animal est l’estimation de sa valeur génétique additive.

Le mot “index” se réfère à la valeur numérique calculée pour chaque animal et qui est utilisée pour le classer relativement aux autres. L’index d’un animal n’est pas constant. Il varie si la base de données (introduction de nouvelles performances) ou le modèle d’analyse, utilisés pour son évaluation, change. C’est pour cela que la valeur de l’index n’est pas importante en elle-même. C’est le classement de l’animal par rapport aux autres animaux qui est important. Ainsi, dire qu’une vache a un index lait de +500 kg ne veut rien dire. Ce qui est important c’est son classement par rapport aux vaches de la base génétique.

Par ailleurs, un taureau dont l’index est de +1000 kg pour la quantité de lait ne signifie pas que ses filles vont produire en moyenne 1000 kg de lait en plus que les autres vaches du troupeau. Il indique que les filles de ce taureau vont produire en moyenne 1000/2= 500 kg de lait en plus que les vaches dont la moyenne de production forme la base génétique. En outre, les taureaux d’insémination artificielle sont sélectionnés sur la base des performances de leurs filles. Or les performances des filles d’un taureau sont distribuées selon la courbe en cloche. Ceci implique que certaines filles d’un “bon” taureau peuvent avoir une valeur génétique inférieure aux meilleures filles d’un taureau “médiocre”. Pourtant, ce qui importe c’est qu’en moyenne la valeur génétique des filles du “bon” taureau est supérieure à celle du taureau “médiocre”.

Plusieurs méthodes sont utilisées pour estimer les valeurs génétiques additives des animaux. Les plus connues sont la méthode des index de sélection et la méthode BLUP (“Best Linear Unbiaised Prediction”).

Fiabilité ou précision de l’index

La fiabilité ou la précision est une mesure de la confiance que l’on peut accorder à l’index d’un animal. Elle varie de 0 à 1. La fiabilité reflète la quantité d’informations utilisée pour l’évaluation d’un animal. Plus le nombre de performances utilisées pour l’estimation est grand, plus la fiabilité est élevée (proche de 1). Elle dépend également de la relation de parenté entre l’animal à évaluer et l’animal ou le groupe d’animaux dont les performances sont utilisées pour réaliser cette évaluation. Plus la relation de parenté est élevée (animaux génétiquement proches), plus la précision est bonne.

Dans le cas du testage des taureaux, la fiabilité de l’index du taureau dépend du nombre de filles et du nombre d’élevages dans lesquels se trouvent les filles du taureau. Ainsi, il faut presque 30 filles élevées dans 30 élevages différents pour estimer une valeur génétique avec une fiabilité de presque 70%. Une centaine de filles dans 100 élevages différents augmente la fiabilité à 88%.

Une fiabilité élevée (proche de 1) indique que la probabilité pour que l’index d’un animal change dans le futur est faible. Une fiabilité faible indique que l’index va probablement changer dans le futur. Toutefois, la direction du changement n’est, cependant, pas connue; il peut augmenter, diminuer ou rester intact. Par conséquent, l’utilisation des animaux avec une fiabilité faible représente un risque, mais en même temps une possibilité de progrès génétique élevée.

La fiabilité indique la précision de l’estimation de la valeur génétique additive. Il ne faut jamais l’utiliser pour sélectionner un animal. Lorsque la fiabilité est utilisée comme critère de sélection, le progrès génétique réalisé n’est probablement pas maximisé. Dans le cas des taureaux d’insémination artificielle, la fiabilité aide à raisonner l’intensité d’utilisation d’un taureau, c’est-à-dire elle sert à décider du nombre de doses de semence à utiliser une fois que le taureau a été sélectionné sur la base de son index.

Ainsi, lorsque les jeunes taureaux sont sélectionnés, l’utilisation de leurs semences doit être limitée à seulement quelques doses par taureau de manière à distribuer le risque. Lorsque la fiabilité de l’index est élevée, le taureau peut être utilisé avec plus de confiance. Cependant, il est recommandé de ne pas inséminer plus de 15 à 20% des vaches d’un troupeau avec la semence du même taureau. En d’autres termes, le minimum est de choisir au moins trois taureaux pour 50 vaches dans le troupeau. La diversification est une manière de minimiser les problèmes qui peuvent survenir de manière inattendue avec l’utilisation intensive d’un seul taureau.

L’intervalle de confiance d’un index

Nous savons maintenant que la vraie valeur génétique additive d’un animal ne peut pas être connue avec précision. Tout ce qu’on peut faire c’est l’estimer. L’intervalle de confiance nous donne, avec une certaine probabilité, la limite inférieure est supérieure (fourchette) entre lesquelles se trouve la vraie valeur génétique additive d’un animal. Il existe une relation étroite entre l’intervalle de confiance et la fiabilité.

Ainsi, lorsque la fiabilité d’un index augmente, l’intervalle de confiance “rétrécit” car avec l’augmentation de la quantité d’informations, on peut déterminer la vraie valeur génétique additive d’un animal plus précisément. Les valeurs de cet intervalle pour la quantité de lait avec une héritabilité de 0,25 sont:

Que signifient ces chiffres ?

Si nous avons un taureau indexé à +400 kg par exemple avec une fiabilité de 0,80, la vraie valeur génétique additive du taureau a:

– 60 chances sur 100 de se trouver entre les limites: 400-210= +190 kg et 400+210=+610 kg
– 80 chances sur 100 de se trouver entre les limites: 400-320=+80 kg et 400+320= +720 kg
– 95 chances sur 100 de se trouver entre les limites: 400-480= -80 kg et 400+480= +880 kg

Il n’y a donc pratiquement aucun risque pour que ce taureau connu sur 60 filles avec un index de +400 kg lait soit détériorateur. Toutefois, cet exemple montre encore une fois qu’il ne faut pas attacher une valeur absolue, une signification “magique” à l’index qui est appelé à varier d’une manière assez sensible. Ainsi, il ne serait pas très intéressant de vouloir faire un classement individuel de taureaux d’après leurs index. Il vaut mieux les classer en 3 ou 4 catégories, permettant leur utilisation avec le maximum de sécurité. On pourrait ainsi, dans le domaine lait, situer sur un même plan des taureaux indexés à l’intérieur des intervalles:

0 à +500 kg ; +500 kg à +1000 kg; au delà de +1000 kg.